* دروس فلسفه
به منظور کمبودها و نارسایی‌ها در تدریس فلسفه و پژوهش‌های فلسفی است.
* دروس فلسفه اخلاق
اولین کتاب جامعِ فارسی در زمینه مسائل کلی فلسفه اخلاق است.
* دین و آزادی
حاصل دو گفتمان در باب دین و آزادی است.
* رابطه علم و دین
با هدف تبیین رابطه میان علم و دین و بررسی جوانب مختلف، در ۸ فصل است.
* راه و راهنماشناسی (معارف قرآن ۵ و ۴)
پژوهشی در قلمرو مسایل نبوت‌شناسی می باشد.
* راه‌شناسی (معارف قرآن ۴)
به دسته‌بندی موضوعی آیات قرآن کریم پرداخته‌اند.
* راهنماشناسی (معارف قرآن ۵)
ادامه درس های تفسیر موضوعی قرآن کریم است.
* راهیان کوی دوست
درس‌های اخلاق استاد با موضوع متن حدیث معروف معراج است.
* رساترین دادخواهی و روشنگری (جلد 1 و2)
* انسان شناسی (معارف قرآن۳)
معارف قرآن مجموعه کتاب‌هایی است که در آن، به دسته‌بندی موضوعی آیات قرآن کریم پرداخته‌اند.
* انسان‌شناسی در قرآن (مجموعه کتب آموزشی معارف قرآن ۳)
در قالب دوازده درس با هدف ارایه مباحث انسان‌شناسی از دیدگاه قرآن تدوین و نگارش یافته است.
* آذرخشی دیگر از آسمان کربلا
مجموعه سخنرانی‌های استاد در محرم ۱۴۲۱ قمری است.
* آزادی؛ ناگفته‌ها و نکته‌ها
در این کتاب دیدگاه‌های ایشان نسبت به مقوله «آزادی» تدوین گردید.
* آفتاب مطهر
مقالات، سخنرانی‌ها و مصاحبه‌های استاد درباره زندگی، اندیشه‌ها و خدمات علمی و فرهنگی استاد شهید مطهری است.
* آفتاب ولایت
سخنرانی‌های در موضوع مهدویت است.
* آموزش عقاید
شامل مجموعه‌ای از درس‌های کلامی استاد است.
* آموزش فلسفه (جلد اول و جلد دوم)
کتابی پرمحتوا در زمینه فلسفه اسلامی که تاکنون بارها تجدید چاپ شده است.
الگوهای شایسته بندگی خداوند است.
* شرح الهیات شفاء (5 جلد)
تقریرات درس‌های استاد با محوریت کتاب الهیات شفاء بوعلی سیناست.
* شرح برهان شفا (4جلد)
شامل متن، ترجمه و شرح مقاله اول از برهان ابن سیناست.
* شرح جلد اول الاسفارالاربعه ( جزء اول تا پنجم)
* شرح جلد دوم الاسفارالاربعه (جزء اول)
* شرح جلد سوم الاسفارالاربعه (جزء اول)
* شرح جلد هشتم الاسفارالاربعه (جزء اول و دوم)
* شرح نهایة الحکمه (2جلد)
محور اصلی این کتاب، نهایة الحکمه مرحوم علامه است.
* آیین پرواز
مجموعه‌ای از درس‌های اخلاقی و عرفانی استاد است.
* اخلاق اسلامی
در قالب دوازده درس برای دانشجویان و طلاب حوزه‌های علمیه است.
* اخلاق در قرآن (معارف قرآن ۷؛ جلد اول تا سوم)
بخش هفتم از سلسله دروس تفسیر موضوعی قرآن کریم توسط استاد است.
* اصلاحات؛ ریشه‌ها و تیشه‌ها
برگرفته از سخنرانی‌های استاد در سال ۱۳۸۰ است.
* انسان‌سازی در قرآن (مجموعه کتب آموزشی معارف قرآن ۷)
در قالب بیست و چهار درس تدوین و نگارش یافته است.
* انقلاب اسلامی و ریشه‌های آن
متنی آموزشی درباره انقلاب اسلامی است.
* انقلاب اسلامی؛ جهشی در تحولات سیاسی تاریخ
حاصل سخنرانی‌های استاد پیش از خطبه‌های نماز جمعه می باشد.
* اوج پرواز - مجموعه «پرواز تا بی‌نهایت»
حاصل تقریر بخشی از درس‌های اخلاق استاد در سال‌های ۹۰ و ۹۱ است.
* ایدئولوژی تطبیقی
در نقد گروه های ضد اسلامی، التقاطی و ماتریالیستی است.
* بال‌های پرواز (۱)؛ آگاهی و بالندگی - مجموعه «پرواز تا بی‌نهایت»
تقریر درس‌های اخلاق استاد در سال تحصیلی ۹۳ـ۹۴ است.
* بدرودِ بهار (شرح دعای امام سجاد علیه‌السلام در وداع با ماه مبارک رمضان)
شرح و تفسیر دعای چهل‌وپنجم صحیفه سجادیه در ۲۴ فصل است.
* بر درگاه دوست
سخنرانی‌های استاد درباره گزیده دعاهای افتتاح، ابوحمزه و مکارم الاخلاق می باشد.
* بزرگ‌ترین فریضه
در باب امر به معروف و نهی از منکر است.
* به پیشواز خورشید غرب
گزارشی تحلیلی از سفر استاد به اسپانیا و چند کشور از منطقه آمریکای لاتین است.
* به سوی او
مجموعه‌ای اخلاقی - عرفانی است بر اساس داده‌های قرآنی و روایات معصومین(علیهم السلام).
* به سوی تو
مکتوب سخنرانی‌های استاد در باره نماز می باشد.
* به سوی خودسازی
درس‌هایی است که استاد برای دو سطح متفاوت از دانش‌پژوهان عرضه داشته‌اند.
* بهترین‌ها و بدترین‌ها از دیدگاه نهج‌البلاغه
تشریح ویژگی‌های بهترین و بدترین بندگان خداوند از نگاه نهج‌البلاغه است.
* پاسخ استاد به جوانان پرسشگر
پاسخ‌های استاد به 8 موضوع از پرسش‌ها درباره نظریه سیاسی اسلام است.
* پاسداری از سنگرهای ایدئولوژیک (در ۶ جلد)
با موضوعات «جهان‌بینی»، «شناخت»، «ایدئالیسم و رئالیسم»، «علت و معلول»، «حرکت» و «دیالکتیک».
* پرتوی از امامت و ولایت در قرآن کریم
اثبات اصل ولایت ـ از منظر شیعه ـ با تکیه بر آیات قرآن کریم و سنت پیامبر(ص) است.
* پرسش‌ها و پاسخ‌ها (5 جلد)
پاسخ های استاد به پرسش‌های مطرح در نشست‌های حوزویان و دانشگاهیان است.
* پند جاوید (2 جلد)
درس‌های اخلاق استاد در شرح وصیت امیرالمؤمنین(ع) به فرزندش امام حسن(ع) است.
* پندهای الهی
شرح بخشی از حدیثی قدسی ــ گفت‌وگوی خداوند و حضرت موسی در کوه طور ــ است.
* پندهای امام صادق(ع) به ره‌جویان صادق
درس‌های اخلاق استاد در جمع طلاب در سال‌های ۱۳۷۶ - ۱۳۷۸ می‌باشد.
* پیام مولا از بستر شهادت
مجموعه مباحث استاد در رمضان ۱۳۷۲ ه. ش است.
* پیش‌نیازهای مدیریت اسلامی
کنفرانس های ارائه شده استاد در دانشکده مدیریت دانشگاه تهران است.
* تعدد قرائت‌ها
بررسی و پاسخ به شبهه مطرح در سال‌های اخیر است.
* تعلیقةٌ علی نهایة الحکمه
مشتمل بر شروح و حواشی استاد بر نهایة الحکمه و به عربی است.
* تماشای فرزانگی و فروزندگی
مقالات و بیانات استاد درباره علامه طباطبایی است.
* توحید در نظام عقیدتی و نظام ارزشی اسلام
سخنرانی‌هایی با عنوان موقعیت توحید در نظام عقیدتی و ارزشی اسلام است.
* تهاجم فرهنگی
مجموعه سخنرانی‌های استاد درباره تهاجم فرهنگی است.
* جامعه و تاریخ از نگاه قرآن (معارف قرآن ۸)
ادامه سلسله دروس تفسیر موضوعی استاد است.
* جامی از زلال کوثر
مجموعه سخنان استاد درباره حضرت فاطمه زهرا(س) است.
* جان‌ها فدای دین
برگی دیگر از تحلیل واقعه کربلا و عاشورا است.
* جرعه‌ای از دریای راز
مباحث درس اخلاق در رمضان المبارک سال ۱۴۳۲ه.ق است.
* جنگ و جهاد در قرآن
بخشی از تفسیر موضوعی قرآن در جمع طلاب مؤسسه در راه حق است.
* جهان‌شناسی (مجموعه کتب آموزشی معارف قرآن ۲)
بخش دوم از مجموعه مباحث معارف قرآن استاد است.
* چکیده چند بحث فلسفی
حاصل سلسله کنفرانس‌های استاد در لندن است.
* چکیده‌ای از اندیشه‌های بنیادین اسلامی
مجموعه سخنرانی‌های استاد در کشور لبنان است.
* حقوق و سیاست در قرآن (معارف قرآن ۹)
ادامه دروس تفسیر موضوعی قرآن در مؤسسه در راه حق است.
* حکیمانه‌ترین حکومت؛ کاوشی در نظریه ولایت فقیه
در چهار بخش به ارائه مباحث بنیادین نظریه ولایت فقیه و جلوه‌های عملی آن می‌پردازد.
* خداشناسی (معارف قرآن ۱)
بخش اول از مجموعه کتب آموزشی مباحث معارف می باشد.
* خودشناسی برای خودسازی
* در پـرتـو نـور
شامل مباحثی درباره عرفان اسلامی است.
* در پرتو آذرخش
این اثر در ادامه کتاب آذرخشی دیگر از آسمان کربلا است، و چهارده سخنرانی استاد در ایام محرم است.
* در پرتو ولایت
گفتارهایی درباره مسأله ولایت است.
* در جستجوی عرفان اسلامی
مجموعه مباحثی درباره عرفان اسلامی است.
* درباره پژوهش
ترسیم مهم‌ترین خطوط کلی پژوهش اصیل و نیز شرح ساحت‌های گوناگون دین‌پژوهی است.
شرح و تفسیر خطبه فدکیه در ۵۶ جلسه است.
* رستگاران
درس‌های اخلاق استاد با محوریت سوره مومنون و سوره فرقان است.
* ره توشه: پندهای پیامبر اکرم(ص) به ابوذر ( 2جلد)
محور کتاب، موعظه‌های اخلاقی پیامبر(ص) به ابوذر غفاری است.
* ره‌یافت‌ها و ره‌آوردها (4 دفتر)
بازتاب استاد در قلم شاگردان و پژوهشگران است.
* زلال نگاه
مباحث سیاسی ـ اجتماعی درباره بصیرت است.
* زن یا نیمی از پیکر اجتماع
نخستین مقاله استاد در نشریه مکتب تشیع.
* زیبایی شرور: شرور و بلایا؛چرایی و وظیفه ما
پاسخ‌گویی به برخی مسایل مطرح درباره حکمت بلاها و مصیبت‌های دنیوی است.
* زینهار از تکبر!
شرح و توضیح بر خطبه شریف قاصعه می باشد.
* سجاده‌های سلوک (2 جلد)
درس‌های اخلاق با محوریت مناجات خمس عشره حضرت امام سجاد(ع).
* سفر به سرزمین هزار آیین
گزارشی از سفر استاد به کشور هندوستان.
* سلسله مباحث اسلام، سیاست و حکومت (4 جلد)
متن بخشی از سخنرانی‌های پیش از خطبه‌های نماز جمعه تهران است.
* سیری در ساحل
بیان و شرح بینش و منش حضرت امام خمینی(ره) است.
* سیمای پیامبر اعظم (ص) در آینه نهج‌البلاغه
* سیمای سرافرازان (2 جلد)
با هدف ارایه نمونه‌های عینی و
*شکوه نجوا
شرحی بر مناجات شعبانیه و مناجات‌المریدین است.
* صهبای حضور
شرح و تفسیر دعای 44 صحیفه سجادیه است.
* طوفان فتنه و کشتی بصیرت
گفتارهای استاد در فتنه‌شناسی است.
* عبرت های خرداد
درباره نهضت پانزدهم خرداد است.
* عروج تا بی‌نهایت
این اثر درباره نماز است
* فازهای پرواز (۱)
تقریر درس‌های اخلاق استاد در سال‌های ۹۱ و ۹۲ است.
* قرآن‌شناسی (معارف قرآن ۶)
تقریر دروس تفسیری استاد به قلم محمود رجبی است.
* کاوش‌ها و چالش‌ها (2جلد)
سلسله سخنرانی‌های استاد در کانون بسیج اساتید دانشگاه علم و صنعت ایران است.
* کلمة حول فلسفة الاخلاق
به زبان عربی نگاشته شده است.
* کیهان‌شناسی (معارف قرآن۲)
* لقای الهی
بخشی از مباحث قرآنی درباره حرکت به سوی لقای خداوند می‌باشد.
* مباحثی درباره حوزه
سخنرانی‌ها و مصاحبه‌ها درباره روحانیت و حوزه می‌باشد.
* نظریه حقوقی اسلام (2جلد)
سخنرانی های قبل از خطبه‌های نماز جمعه تهران است.
* نظریه سیاسی اسلام (2جلد)
در دو جلد با عنوان‌های «قانون‌گذاری» و «کشورداری» است.
* نقد و بررسی مکاتب اخلاقی
مجموعه درس‌های فلسفه اخلاق است.
* نقدی فشرده بر اصول مارکسیسم
مجموعه‌ای از درس های استاد است که توسط مصطفی ملکیان نگارش و تدوین یافته است.
* نقش تقلید در زندگی انسان
سخنرانی‌های ماه مبارک رمضان سال ۱۳۸۱ در دفتر مقام معظم رهبری است.
* نگاهی گذرا به نظریه ولایت فقیه
* نگاهی گذرا به حقوق بشر از دیدگاه اسلام
در ۱۱ فصل تدوین و نگارش یافته است.
* هم‌اندیشی معرفت‌شناسی
مبانی و دیدگاه های فلاسفه اسلامی در حوزه معرفت‌شناسی برای پژوهشگران است.
